Pada tahun 1965 terjadi pergolakan politik di Indonesia, sehingga banyak sekolah yang tutup. Hal ini menyebabkan banyak pelajar yang terlantar. Oleh karena itu beberapa jemaat GKI Muntilan bertekad untuk mendirikan sebuah sekolah. Nama sekolah tersebut adalah “BENTARA WACANA” yang berarti “PASUKAN PEMBAWA FIRMAN”. BENTARA berarti pasukan, tentara atau laskar, sedangkan WACANA berarti FIRMAN. Tujuan berdirinya Bentara Wacana adalah untuk melayani dengan kasih. Pelayanan ini diberikan tidak hanya untuk umart kristiani, tetapi juga untuk seluruh masyarakat. Pada tanggal 26 Januari 1967 berdirilah TK dan SD Bentara Wacana sebagian berlokasi di GKI Muntilan yang beralamat di Jl. Karangwatu 43 Muntilan dan di gedung bekas gudang sebelah barat sungai Blongkeng. Pada waktu itu pembagian ruangnya untuk TK di Ruang Konsisturi, SD Kelas I dan II di gedung gereja, sedangkan untuk kelas III sampai kelas VI di gedung sebelah barat sungai Blongkeng. Adapun guru-guru TK pada waktu itu adalah sebagai berikut :

1. Ibu Ribkah Herpiningsih (Ibu Pien)
2. Ibu Debora Ratna

Sedangkan guru-guru untuk SD pada waktu itu adalah sebagai berikut :

1. Bapak Hadi Surachman (Bapak Liem)
2. Ibu Iswaniarti (Ibu Swan)
3. Ibu Wiwik
4. Bapak Kuwat
5. Ibu Tan
6. Ibu Kusdijanti (Ibu Kus)

Kepala Sekolah pertama adalah Bapak Hadi Surachman Pada Tahun 1974 banyak orang tua murid yang mendesak agar didirikan Sekolah Menengah Pertama (SMP). Hal ini disebabkan mereka melihat perkembangan SD dan TK yang cukup baik. Dibangunlah SMP Bentara Wacana di atas tanah sumbahangan dari Bapak Bagio Binoto Lestario, simpatisan GKI Muntilan yang terletak di Jlm. Lettu Sugiarno 40A Muntilan. Selanjutnya pada tahun itu juga TK dan SD pindah ke lokasi tersebut. Pada mulanya siswa SMP berjumlah 24 siswa. Saat itu yang menjabat sebagai kepala sekolah pertama adalah Bapak Drs. Agung Krisna, kepala sekolah kedua dijabat oleh Dra Debora HT, dengan pendidik :

1. Ibu Dewi Lestari
2. Bapak Drs. Supirmo
3. Bapak Drs. Wahana Sutahir
4. Bapak Drs. Agung Krisna
5. Bapak Adi Christianto, S.Th

Pada tahun 1976 sekolah berhasil mengikutsertakan siswa untuk ujian negeri yang seluruhnya berhasil lulus ujian. Melihat keberhasilan SMP dan melihat kelulusan SMP angkatan pertama yang 100%, maka para orang tua siswa kembali mendesak Yayasan agar mendirikan Sekolah Menengah Atas (SMA). Maka pada tahun 1977 berdirilah SMA Bentara Wacana. Pada saat itu sebagai Kepala Sekolah pertama adalah Ibu Dra. Debora HT dan dengan para pendidik antara lain:

1. Bapak Drs. Agung Krisna
2. Bapak Drs. Supirmo
3. Bapak Drs. Waham Sutahir
4. Bapak S. Kristiadi BA
5. Ibu Maria BSc

Pada mulanya Yayasan yang menangani Sekolah Bentara Wacana adalah yayasan yang merupakan cabang dari YPKI Magelang. Kemudian pada tanggal 7 Januari 1982 mendirikan yayasan sendiri, yang diberi nama Yayasan Pendidikan Kristen Indonesia Muntilan (YPKI Muntilan) dimana yayasan ini berada di bawah naungan GKI Muntilan. Adapun susunan pengurus YPKI Muntilan tahun 1982 adalah sebagai berikut : Ketua (Bapak Paulus Herry Hartanto); Sekretaris (Pdt. Adi Christianto, S.Th); Bendahara (Ibu Bagio Binoto Lestario); Anggota (Bapak Pujo, Bapak Daniel Haryato, Bapak Simon Sugito, Bapak Lokmantoro)